Tại một thành phố với phần lớn là học sinh biết sử dụng siêu năng lực, và đồng thời có sự tồn tại của pháp thuật.
Cánh tay phải của Toma Kamijyo có khả năng vô hiệu hóa pháp thuật, siêu năng lực, hay thậm chí kể cả phép màu của chúa lẫn vận Tháng năm của chính mình. Câu chuyện bắt đầu sau khi cậu ta bất ngờ gặp một cô gái ngay ban công nhà mình, cô bé ấy chính là nữ tu sĩ trong giáo hội nuớc anh và mang trong mình 103 000 cuốn sách ma pháp mà giáo hội đã cấm lưu hành từ lâu.
Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật gia, giúp Misaka Mikoto (pikachu cấp 5) đánh lại Accelerator – một siêu năng lực gia mạnh nhất trong số lv 5. Và sau cùng là đã ngăn chặn ma thuật của Angel Fall để cứu thế giới.
Sang phần 2 này, Touma sẽ bị cuốn vào cuộc chiến giữa học viện khoa học và học viện ma thuật. Chuyện gì sẽ xảy ra?
