Cơ Quan An Ninh Quốc Gia Mỹ tạo ra một mật mã mang tên Mercury code có tính bảo mật tuyệt đối để mã hoá các thông tin tuyệt mật trong việc lưu trữ của chính phủ Mỹ. Mật mã quá phức tạp đến mức người tạo ra nó tin rằng không có máy tính nào trên Trái Đất có thể giải mã được. Thế nhưng một cậu bé tự kỷ 9 tuổi Simon Lynch (Miko Hughes) sống khép kín trong thế giới những câu đố và bản đồ, với năng khiếu Toán học phi thường đã giải được mã khi hai trong số các nhà sáng tạo bí mật cho đăng thử nghiệm mã trên một tạp chí dưới dang các câu đố.Trung tá Nicholas Kudrow (Alec Baldwin), cho rằng việc giải được mã của cậu bé sẽ ảnh hưởng hết sức nghiêm trọng đến bí mật quốc gia, vì vậy đã phái người giết cậu bé và cha, mẹ của cậu và sắp xếp thành một vụ tự sát. Tuy nhiên những sát thủ chỉ hạ sát được bố mẹ của cậu bé nhưng không tìm thấy cậu.Sau đó nhân viên FBI Art Jeffries (Bruce Willis) vừa bị giáng cấp do hành hung cấp trên, đến điều tra hiện trường vụ tự sát và tìm thấy Simon Lynch trốn trong một ngăn tủ bí mật. Từ đó anh bắt đầu bảo vệ cậu bé băng mọi cách đồng thời vạch trần âm mưu giết người của Trung tá Nicholas Kudrow…”
