Câu chuyện của Shining Hearts diễn ra tại thế giới End Earth trong bối cảnh thời trung cổ,nơi có các giống loài như Loài Người-Tiên Tộc Elf-Nhân Thú(Nửa người nửa thú)-Người Lùn-Long Tiên Tộc(Một nhánh khác của Tiên Tộc Elf và mang dòng máu của loài rồng) cùng nhau chung sống
Rick là một chàng trai bị trôi dạt vào đảo Windaria sau 1 cơn bão… Được 3 cô gái trẻ: : Airy, Neris, Amil giúp đỡ và nhận vào làm trong cửa hàng bánh mì của họ. Nhưng một khi mặt trăng trở nên màu đỏ thẫm cùng với những ngọn gió chết chóc thổi đến, họ sẽ phải đối mặt với những sự kiện kỳ lạ.
Và một ngày kia, một cô gái bí ẩn tên là Kaguya bị sóng đánh trôi vào đảo Wyndaria sau 1 cơn bão lớn. Cô ấy gặp Rick , đau khổ vì bị mất đi ký ức. Đảo Wyndaria yên bình giờ đây xuất hiện đầy hải tặc đang tìm kiếm mảnh đá tinh linh trên cổ của Kaguya. Rick và 3 cô gái: Airy, Neris, Amil quyết định tìm cách giúp đỡ Kaguya tìm lại ký ức, đem trở lại sự bình yên.
